1、馬德里一份申請可指定在多個國家申請，如果不遇上單國審查意見或初審駁回或異議，采用馬德里商標(biāo)國際注冊就可以節(jié)省一定的費用；但是如果遇到臨時駁回等情況還是必須按照單國的程序處理，要另外支付相應(yīng)費用，可能比單國花費更多。

　　2、馬德里國際注冊不能進(jìn)行查詢，如果在后期實質(zhì)審查中由于近似或相同商標(biāo)在有些國家被駁回，已交注冊費不會退；單國注冊一般都可進(jìn)行在先近似查詢，減少駁回幾率。
　　3、馬德里國際注冊要求與國內(nèi)基礎(chǔ)注冊一致，而我國商標(biāo)審查準(zhǔn)則與某些國家的審查準(zhǔn)則有差異，所以通過馬德里申請遇到的答復(fù)審查意見和答復(fù)駁回的幾率要比單個國家的方式申請注冊高；而通過單國申請注冊可以由我公司的各國合作機(jī)構(gòu)的律師在申請前進(jìn)行在先的判斷和把關(guān)，盡可能提前排除商標(biāo)申請過程中的障礙，減少以后遇到官方審查意見和駁回的幾率，以節(jié)約申請注冊時間和費用。
　　4、馬德里國際注冊必須基于一定的國內(nèi)申請或注冊基礎(chǔ)；單國注冊一般不需要。
　　5、馬德里國際注冊僅有一份國際局核發(fā)的國際注冊證明而沒有直接證明商標(biāo)權(quán)利的注冊證（絕大多數(shù)成員國不會單獨核發(fā)商標(biāo)注冊證）；單個國家的商標(biāo)注冊完成后都會核發(fā)注冊證直觀地表明在各國的商標(biāo)權(quán)利。而馬德里注冊如需要在各成員國的注冊證，須委托當(dāng)?shù)氐穆蓭熓聞?wù)所辦理，費用不菲。
　　6、馬德里注冊效力具有不穩(wěn)定性（中心打擊原則）。國際注冊五年后才能與國內(nèi)注冊脫鉤，一旦國內(nèi)注冊在五年內(nèi)被撤銷，國際注冊也將被撤銷。所以，現(xiàn)在只要在我國拿到受理通知就可以指定其他的80多個國家，一方面降低了申請門檻，另一方面也增加了注冊的風(fēng)險。