少林寺除周圍眾多的堂門和家族外，歷史上還有分布各地的眾多的下屬寺院和分院，這些都是元初裕公創立家族式傳代制度后形成的。一個下院實際上是少林寺一個門頭。據元代《裕分碑》載，元初裕公在內蒙古和林、河北盤山、陜西西安、山西太原、河南洛陽分建五座少林寺分院。又據后至元二年（1336年）所鑄的大鐵鐘銘文載，少林寺當時的分院有22個。遠到禹州、方城、信陽、靈寶、熊耳山等地。又據清嘉慶七年（1802年）《西來堂塔院碑》載，僅西院一系在洛陽、開封、登封、封丘四縣的下院就有10個。由此，歷史上的少林寺實際上是由若干下院、分院、堂門組成的一個龐大家族，這此分支家族皆受居住在少林寺常住院的住持（方丈）統領。少林寺家族式的傳法制度形成后，宗族思想十分嚴重，家族往往只考自身家族的事務。大家族首領往往執掌少林寺，住持（方丈）也多由其家族成員擔任。